След натиск на българското правителство при подкрепата на Великобритания и Австро-Унгария са издадени берати за български владици в Неврокоп (митрополит Иларион) и Велес (митрополит Авксентий) и ираде за преместване седалището на Екзархията от Ортакьой в престижния цариградски квартал Пера.
Създава се възможност за съставяне на Свети синод само от епархиите в Европейска Турция. Българската екзархия е Върховна национална организация на Българската православна църква. Тя е учредена със султански ферман от 28 февруари 1870 г. и просъществува до 1953 г., когато е издигната в Българска патриаршия. До освобождението на България от османско присъствие обхваща следните епархии: Търновска, Доростоло-Червенска (Русенска), Варненско-Преславска (без Варна и 12 селища, разположени между Варна и Кюстенджа), Пловдивска (от Пловдив само махалата "Св. Богородица" и без Станимашката каза и някои села и манастири), Софийска, Видинска, Нишка, Кюстендилска, Самоковска, Велешка, Врачанска, Ловчанска, Сливенска, Охридска, Скопска, Нишавска (Пиротска). След извоюване на националната независимост се създават още две епархии: Неврокопска и Старозагорска (90-те години на XIX в.). Създаването на Българската екзархия е резултат от дългогодишната борба на българския народ за извоюване на своя църковна независимост. По силата на султанския ферман и екзархийския устав, изработен от църковния събор, свикан в Цариград през 1871 г., Българската екзархия е призната за официален представител на българската нация в Османската империя. В устава й са утвърдени две начала: съборност (участие на духовници и вярващи в църковното управление) и изборност. Свиканият на 12 февруари 1872 г. Временен съвет на Екзархията избира за пръв български екзарх ловчанския митрополит Иларион. Този избор обаче не е одобрен от Високата порта и на 16 февруари същата година на негово място е избран видинският митрополит Антим I. Цариградската патриаршия от своя страна се обявява против образуването на Българската екзархия и на 16 септември 1872 г. я обявява за схизматична, т.е. отцепническа, тъй като последната не признава върховенството на патриарха. До освобождението на България от османско иго екзархията съдейства за обединяването на българските земи и ръководи просветното дело в тях. Тя води борба против западната католическа пропаганда, която се стреми да насажда своето влияние сред българския народ. След обявяването на Руско-турската освободителна война – 1877-1878 г., екзарх Антим I е свален от своя пост и е заточен в Мала Азия заради неговата патриотична дейност и проявени симпатии към Русия. За нов екзарх е избран ловчанският митрополит Йосиф I. След Освобождението Българската екзархия съсредоточава своята дейност главно в онези български земи, които по силата на Берлинския договор – 1878 г. остават отново в пределите на Османската империя. Наред с грижите за поддържане на българските черкви тя полага усилия за разгръщане и на просветното дело сред българското население в Македония и Одринско. Противопоставя се на засилването на сръбската и гръцката пропаганда в тези области. До избухването на Балканската война – 1912-1913 г. влиянието на Българската екзархия в Македония и Одринско се простира в следните епархии: Охридска, Битолска, Скопска, Дебърска, Велешка, Струмишка, Неврокопска, Костурска, Леринска (Мъгленска), Воденска, Солунска, Поленинска (Кукушка), Серска, Мелнишка, Драмска и Одринска. Първите седем от тях се управляват от български владици, а останалите - от екзархийски наместници. След разгрома на България в Междусъюзническата война – 1913 г. екзарх Йосиф I премества седалището си в София. След неговата смърт през 1915 г. в продължение на три десетилетия тя е управлявана от Светия синод, начело на който стои наместник-председател. През 1945 г. за нов екзарх е избран софийският митрополит Стефан I. Свиканият през 1953 г. църковен събор прокламира издигането на Българската екзархия в Българска патриаршия.
